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QIAGEN CLC Assembly Cell

QIAGEN CLC Assembly Cell は、次世代シークエンシングデータのリファレンス配列へのリードマッピングおよび de novo アセンブリのためのハイパフォーマンスなコンピューティングソリューションです。

QIAGEN CLC Assembly Cell のコマンドラインインターフェイスを用いることで、 上記のような機能をスクリプトや次世代シーケンシングワークフローに簡単に組み込む事ができます。 CLC Assembly Cell は、デスクトップコンピュータや大きなコンピューティングクラスターにも簡単にインストールできます。QIAGEN CLC Assembly Cell は、先進的なアルゴリズムの実装により高速化されています:SIMD 命令セット方式により処理を並列化することでアルゴリズムの中で特に計算負荷が高い部分を高速化しており、その結果として市販の NGS データ解析パッケージの中で最も高速かつ精度の高いソフトウェアとなっています。

生データの迅速な解析とレポートの作成

QIAGEN CLC Assembly Cell には、リードマッピング、de novo アセンブリ、生データの高速解析を始めとする多くの機能が搭載されています。

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コンピュータクラスター対応

複数の QIAGEN CLC Assembly Cell は、マルチノードコンピュータクラスタ上で並列して実行できます。

実際には、どのコンピュータクラスターもそれぞれ独自の設定がされているため、いかなるコンピュータでも動作が保証される既成ソリューションは提供していません。代わりに、例えば無料でダウンロード、使用、変更を加えることができる Perl script を提供しています。

ベンチマーキング

QIAGEN CLC Assembly Cell の最新版では、PacBio シークエンサー由来生データのエラー修正および de novo アセンブリのためのツールが紹介されています。高品質のアセンブリが、他の先端のソフトウェアよりも短時間で作成できます。QIAGEN CLC Assembly Cell は、他のソフトウェアに比べて10%未満のメモリ使用量で、より早くアセンブリを完了します。

業界標準である HPGAP1 を高性能コンピュータで実行した場合の性能と、QIAGEN CLC Assembly Cell における de novo assembly ワークフローの性能とを比較しました。この比較において de novo assembly パイプラインは一般的なノートPCで実行されている点にご注目ください。

より詳細なベンチマーク情報は、こちら

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QIAGEN では、新機能、バグの修正、プラグインなどのアップデートや改良を頻繁に公開しています。すべての公開内容については、「最新の改良点」でご覧ください