QIAGEN Ingenuity Pathway Analysis (QIAGEN IPA)
IPA は、複雑なオミクスデータを迅速に視覚化し研究者がそのデータを理解することを支援します。そして各生物学的実験系で、実験結果の洞察力のあるデータ解析と解釈を行います
最新のリリースはこちら – IPA Winter Release (December 2020)
迅速なデータの理解と可視化
QIAGEN Ingenuity Pathway Analysis は、ライフサイエンス研究コミュニティで広く採用されており、RNA シークエンス、低分子 RNA シークエンスおよび miRNA と SNP を含むマイクロアレイ、メタボロミクス、プロテオミクス、小規模実験などのオミックス実験から得られたデータの解析、統合、解釈に関する何千もの論文で引用されています。
洞察に満ちたデータの解析と解釈
専門家が手動で収集している QIAGEN Knowledge Base の網羅的なコンテンツに基づくデータ解析と解釈は、科学者が発現解析実験の生物学的意義を理解するのに役立ちます。強力なアルゴリズムとコンテンツを組み合わせることで、ユニークで高度な解析機能が提供され、最も重要なパスウェイを特定し、実験データに関連する潜在的な新規制御ネットワークと上流の制御因子を発見できます。
すぐに利用できる膨大なオミックスデータがあれば、どうですか？
QIAGEN IPA は、QIAGEN OmicSoft Land Explorer へのリンクを提供するようになりました。 IPA のこの新しいプレミアム機能を使用すると、個々の遺伝子のオミクスデータだけでなく、すぐれた可視化機能で複数の遺伝子にわたる発現相関を探索できます。 QIAGEN IPA で調べていた遺伝子の情報から、組織または細胞内における遺伝子発現情報にジャンプできます。また、アップレギュレートやダウンレギュレートされている遺伝子と、疾患やその治療法との関係を探ることもできます。 変異が発現の変化とどのように関連するか、変異が臨床結果におよぼす影響などを可視化します。
IPA を介して OmicSoft Land Explorer にアクセスするには、追加のライセンスが必要です。
より詳細に：分子データを有用な知識に翻訳
Analysis Match – QIAGEN Ingenuity Pathway Analysis の新機能
IPA Analysis Match は、IPA ユーザーがこれまでの実験から得た IPA 解釈結果、 65,000 以上の公開データセット由来の IPA 解釈結果に対して解析したい IPA 解釈結果を自動的に照合します。データを比較、検証し、IPA 解釈が類似または異なる実験系をまとめて提示することで、疾患、遺伝子、上流制御ネットワーク間の未知の因果関係の理解を深められます。
パスウェイ解析のその先へ
QIAGEN IPA Advanced Analytics の構成要素である Causal Network Analysis は、上流解析を拡大してデータセット内の各因子に直結していないレギュレーターを含めることによって、実験データにつながる上流の因果関係を明らかにします。さらに、BioProfiler は潜在的な治療ターゲットや毒性ターゲットだけでなく、それらに関連する既知の薬物やバイオマーカーの特定にも有用です。また、IsoProfiler は特定の生物学的現象に特異的な転写産物を同定することに役立ちます。
その他の QIAGEN IPA の有用機能
Causal Network Analysis
データセットに示された遺伝子発現の変化を説明する可能性のある、複数階層上の制御ネットワークを生成します。 このツールは、上流解析を拡張してデータセット内のターゲットに直接関与していない制御因子を含めることにより、新しい調節メカニズムの発見を可能にします。 （注：IPA Advanced Analytics に含まれる機能）
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IsoProfiler
興味深い生物学的特性を持つアイソフォームを特定して、それらに優先順位を付けます。 アイソフォームスイッチングなどの稀な発現パターンを持つ、または既知の疾患や機能に関連するRNA転写産物を持つ遺伝子を見つけることができます。 IPA に完全に統合されたヒト GTEx 発現データを使用して、既知の組織特異的発現を示す転写産物を特定します。 1つまたは複数のデータセットでアイソフォームレベルでの発現を可視化します。（注：IPA Advanced Analytics に含まれる機能）
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Regulator Effects
上流の制御因子の結果を下流への影響の結果と統合して、上流で起こっている事象から下流で引き起こされる特定の表現型または機能に関する仮説を作成することを可能にします
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Molecule Activity Predictor (MAP)
サブネットワークとカノニカルパスウェイで目的分子を選択し、そのアップレギュレーションまたはダウンレギュレーションを指定すれば、下流にある分子への影響とネットワークまたは経路の上流の推測された活性をシミュレートすることで、仮説の生成をサポートします。
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QIAGEN IPA Trial のリクエストはこちらへ
QIAGEN Ingenuity Pathway Analysis の有効なライセンスをお持ちの場合は、QIAGEN IPA クライアントを インストール していただくと、IPA がより快適にご使用になれます。
システム要件
Windows オペレーティングシステム：
- Windows 10
- Windows 8
- Windows 7
- Windows XP SP2 以降*
Windows インターネットブラウザ：
- Internet Explorer 6 以降
- Firefox 5 以降
- Chrome 10 以降（QIAGEN IPA クライアントの使用
が必須） - Safari 5.05 以降
Java Runtime Enviroment (JRE).
QIAGEN IPAクライアントをご使用の場合は不要：
- JRE 1.7.0_xx
- JRE 1.8.0_xx
最小ハードウェア要件：
- PC–1.25GHz, 2GB RAM（QIAGEN IPAの軽量使用）***
- PC – 2GHz, 4GB RAM（推奨）
- Mac – 1.25GHz, 2GB RAM（QIAGEN IPAの軽量使用）***
- Mac – 2GHz, 4 GB RAM（推奨）
- 最低画面解像度1024 x 768
* 注: 2014年4月に Microsoft が Windows XP オペレーティングシステムのサポートを終了したため、QIAGENのIngenuity Apps チームは、2014年3月春リリースから、XP 上の QIAGEN IPA のレガシーサポートに移行しました。QIAGEN IPAは XP オペレーティングシステム上で機能し続け、問題はないと予想されます。ただし、できるだけ早く新しいオペレーティングシステムにアップグレードすることをお勧めします。XP に対するこのサポート削減を受けて、QIAGEN IPA チームは報告されたすべての欠陥の調査を続け、XP が原因で特定した問題が発生した場合にはその回避策をできる限り提供いたしますが、問題の解決やその後の問題再発の回避を保証することはできません。
Mac オペレーティングシステム
- macOS Mojave
- macOS High Sierra
- macOS Sierra
Mac インターネットブラウザ
- Firefox 5 以降
- Safari 5.0.5 以降
- Chrome 10 以降（QIAGEN IPAクライアントの使用
が必須）
Advanced Analytics 要件
(Causal Network Analysis および BioProfiler):
- CoreTM i5 プロセッサまたは 64 ビット OS および Java を搭載した 2GHz 以上でランする同等のプロセッサ
- Java 用に最低 3GB RAM が無料
- 最低画像解像度1280 x 800
次のインストーラーを使用して、QIAGEN Ingenuity Pathway Analysis クライアントをインストールするようお勧めします: https://analysis.ingenuity.com/pa/installer/select
このインストーラーを使用すると、Java の個別インストールや、Web ブラウザでQIAGEN IPA へのログインが不要です。QIAGEN IPA にはオフラインモードはありません。使用するにはインターネット接続が必要です。
**JRE は Java Runtime Environment の頭字語であり、Java アプリケーションやアプレットをコンピューターでランするために必要なプログラムです。Java は、QIAGEN IPA クライアントのインストールバージョンをご使用の場合は不要です。
*** QIAGEN IPA の解析機能への負荷が少ない使用には、検索、ビルド/オーバーレイ操作、小規模なデータセットのアップロードと解析作成が含まれます。より大規模な解析や比較分析では、QIAGEN IPA にはもっと多くのメモリ（RAM）が必要です。