scRNA-seq データを扱うQIAGEN OmicSoft Single Cell Land
シングルセルデータ解析（scRNA-seq）を容易にし、深くて新しい洞察をもたらすソリューションをご紹介します。弊社の認定キュレーターチームは、何百のシングルセルプロジェクトを手作業でキュレートし、正確にキュレートされた何千ものセルクラスターを生成しています。70以上のメタデータ属性のいずれかを使用して、数百万の細胞にアクセスし、検索できます。複数のプロジェクト間で比較し、探しているデータを簡単に見つけ出し、発見と検証を加速できます。
あなたのプロジェクトに関連するデータを見つける
QIAGENの科学者は、Single Cell Land の各データセットのプロジェクト、サンプル、細胞タイプのメタデータを手作業でキュレートします。これにより、実験の生物学的背景の理解に必要なレベルの詳細な情報が、scRNAシークエンスデータに付加されます。 データセットは、統一されたワークフローを用いて生データから細心の注意を払って再処理され、徹底したQCチェックを受けた後、シングルセルの解像度で70を超える属性がアノテーションされます。 これにより、すべてのプロジェクトで特定の細胞型、組織、遺伝子、年齢、性別、またはその他のキュレートした特性を検索し、関連するデータセットをすばやく見つけることができます。
データの完全性、再現性、比較可能性
OmicSoft Single Cell Land を使用すると、一貫した再現性のある方法で、プロジェクト全体のscRNA-seq データを検索し、比較できます。遺伝子、組織、疾患、細胞型、またはその他の70を超えるメタデータ属性のいずれかのレベルで検索できます。Single Cell Landフレームワークは、プロジェクト間のデータを可視化するために設計されています。これにより、これまで考慮していなかったプロジェクトで潜在的バイオマーカーを探索し、新しい細胞型、病状、発生段階、または実験状態での発現を検出できます。
データとインサイトの使いやすさと可視性
OmicSoft Single Cell Land は、インタラクティブな可視化機能とエクスポート可能な詳細情報により、重要なインサイト抽出に必要なツールと可視化機能を提供します。tSNEまたはUMAPプロット、発現分布プロットまたはバイオリンプロット、セルクラスタープロット、ヒートマップなどを介して、次元削減の結果を見つけられます。 OmicSoft Single Cell Landは、外部ツールとの互換性のために、オープンスタンダードのh5ad形式でのシングルセルデータのエクスポートもサポートしています。
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「QIAGEN OmicSoft Landによって、多くの時間を節約できます。個々のデータセットを探してダウンロードし、処理してアノテーションするのではなく、私は仮説の検証とデータ検索にすぐに集中できます。」
Dr. Arthur Liberzon、バイオインフォマティシャン、Alkermes, Inc.
RNA-seqデータのキュレーションプロセス
キュレーションは、データを FAIR（検索可能、アクセス可能、相互運用可能、再利用可能）にするための基盤です。QIAGENでは、50名以上の Ph.D.、M.S.、M.D. の認定キュレーターからなるチームが高品質で信頼性の高いデータを確保するために、厳格なプロトコルに従ってデータのキュレーションを行っています。scRNA-seq データの標準キュレーション法は、QIAGEN OmicSoft OncoLand およびDiseaseLand と同一であるため、発見したデータをすばやくバルクの細胞実験から１細胞の解像度まで精査することができます。細胞型までの手作業によるキュレーションで、研究に関連するデータセットを見つけられます。細胞クラスター間の事前計算された比較によって、重要な細胞型のシグネチャーが明らかになり、すぐに実験へ応用できます。
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注目のリソース
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シングルセルデータを探索し、仮説を検証し、新しい洞察を発見することがいかに簡単か、ご自身でお確かめください。
